曲小健，男，中共党员，理学博士，副教授，研究生导师。英国上市365，山东省逆境植物生物学与遗传改良重点实验室。兼任山东植物学会副秘书长。

联系地址：山东省济南市长清区大学科技园大学路1号

邮编：250358

邮箱：quxiaojian@sdnu.edu.cn

一、个人简介

主要从事植物资源分类、开发利用与系统演化研究，重点关注种子植物，同时基于生物信息学开发实用的组学分析工具和平台。针对种子植物，特别是蓼科、寄生植物，开展植物资源调查、开发利用、系统发生、基因组结构演化、物种多样化、适应性演化等研究工作。聚焦生物大数据前沿，进行生命科学和计算机科学交叉学科研究，开发的质体基因组注释工具PGA（Plastid Genome Annotator）和质体基因组分析平台PlastidHub被国内外同行广泛应用，对于促进植物分类和质体系统发生基因组学研究发挥了重要作用。目前共发表论文40余篇，其中以第一或通讯作者在Nature Plants、Plant Communications、Plant Diversity、Journal of Systematics and Evolution、Molecular Phylogenetics and Evolution、Plant Methods、Genome Biology and Evolution、Frontiers in Plant Science、BMC Genomics、Plant Disease等SCI一区和二区期刊发表论文20余篇，含ESI高被引论文2篇，其中1篇同时为热点论文（Web of Science），总被引用1800余次。曾赴美国哈佛大学阿诺德植物园、密苏里植物园、加州大学伯克利分校植物园以及中国台湾中央研究院生物多样性研究中心进行访学交流。

二、工作经历

2022.1-至今，英国上市365，副教授

2018.9-2021.12，英国上市365，讲师

2017.9-2018.8，中国科学院昆明植物研究所，助理研究员

三、教育经历

2014.9-2017.7，中国科学院昆明植物研究所，生物化学与分子生物学，博士

2011.9-2014.7，中国科学院昆明植物研究所，植物学，硕士

2007.09-2011.7，英国上市365，生物技术，学士

四、研究方向

1、整合分类学研究

利用形态学、组学等多种来源的数据对植物类群进行整合分类学研究，重建分类困难类群的系统关系，确定相关类群的分类范畴。通过整合形态学数据探究表型层面的性状创新与分子层面的系统发生之间的关联。

2、基因组演化、物种多样化和适应性演化研究

基于构建的系统发生框架，探讨细胞质基因组和核基因组的演化机制，揭示基因组结构、寄生现象等关键性状的起源和多样化模式。整合关键性状创新、多组学技术、功能基因验证、代谢通路解析对蓼科植物和寄生植物开展适应性演化研究。

3、组学数据分析工具和平台开发

针对丰富的生物学大数据所带来的分析和挖掘瓶颈，开发组学数据分析工具和平台。

五、承担课程

本科生：植物学、植物学实验、园林植物学、野外实习

研究生：植物系统学、生物标本制作

六、主持和参与的科研项目

1、中国环境科学院项目，黄河三角洲生物多样性保护优先区域生态系统、高等植物调查与评估，2023-2024，结题，参与。

2、山东省草本植物种质资源普查与收集项目，鲁山-仰天山区域，2023-2025，结题，参与。

3、山东省草本植物种质资源普查与收集项目，济南南部山区-小清河区域，2022-2024，结题，参与。

4、山东省自然科学基金，结合叶绿体基因组和微条形码研究裸子植物的系统发育关系，2021.1-2023.12，结题，主持。

5、中国博士后科学基金，基于组学数据的裸子植物系统发育和进化研究，2019.7-2021.7，结题，主持。

6、中国科学院“西部青年学者”项目，裸子植物叶绿体基因组系统发育和结构演化研究，2018.1-2020.12，结题，主持。

7、国家自然科学基金国际（地区）合作与交流项目，蔷薇目全球多样化时空格局重建，2018.1-2022.12，结题，参与。

8、国家自然科学基金面上项目，中缅交界高黎贡山种子植物区系及形成原因的进化与生态解释，2016.1-2019.12，结题，参与。

9、国家自然科学基金面上项目，滇藏交界独龙江上游地区种子植物区系与生物多样性保护研究，2014.10-2017.12，结题，参与。

10、国家自然科学基金青年科学基金项目，鼠李科的系统发育研究，2013.1-2015.12，结题，参与。

七、代表性论文

2026年

Xiao-Jian Qu#, Guo-Qian Yang#, Na-Na Zhang#, Ting Zhang, Luo-Yan Zhang, Hui Liu, Rong Zhang, Yu-Fei Wang, Xiu-Xiu Guo, Dong-Ling Cao, Pei-Pei Jiang, Jeffrey L. Bennetzen, Douglas E. Soltis, Alex D. Twyford*, Ting-Shuang Yi*, Shou-Jin Fan*, Xue-Jie Zhang*. The genome of Thesium ramosoides (Santalales) reveals evolutionary dynamics associated with parasitism and alpine adaptation. Plant Communications, 2026, https://doi.org/10.1016/j.xplc.2026.101832.

2025年

Na-Na Zhang#, Gregory W. Stull#, Xue-Jie Zhang, Shou-Jin Fan*, Ting-Shuang Yi*, Xiao-Jian Qu*. PlastidHub: An integrated analysis platform for plastid phylogenomics and comparative genomics. Plant Diversity, 2025, 47:544-560.

Ying-Ying Yang#, Gregory W. Stull#, Xiao-Jian Qu, Min Deng, Lei Zhao, Yi Hu, Zhi-Heng Wang, Hong Ma, De-Zhu Li*, Stephen A. Smith*, Ting-Shuang Yi*. Genome duplications, genomic conflict, and rapid phenotypic evolution characterize the Cretaceous radiation of Fagales. Journal of Integrative Plant Biology, 2025, 67:2929-2944.

2023年

Xiao-Jian Qu*, Dan Zou, Rui-Yu Zhang, Gregory W. Stull, Ting-Shuang Yi*. Progress, challenge and prospect of plant plastome annotation. Frontiers in Plant Science, 2023, 14:1166140.

Dong-Ling Cao, Xue-Jie Zhang, Xiao-Jian Qu*, Shou-Jin Fan*. Phylogenomics, divergence time estimation, and adaptive evolution in the Pologonoideae (Polygonaceae). Journal of Systematics and Evolution, 2023, 6(61): 1004-1019.

Lei Zhao, Ying-Ying Yang, Xiao-Jian Qu, Hong Ma, Yi Hu, Hong-Tao Li, Ting-Shuang Yi*, and De-Zhu Li*. Phylotranscriptomic analyses reveal multiple whole-genome duplication events, the history of diversification and adaptations in the Araceae. Annals of Botany, 2023, 131:199-213.

Ying-Ying Yang#, Gregory W. Stull#, Xiao-Jian Qu, Lei Zhao, Yi Hu, Zhi-Heng Wang, Hong Ma, De-Zhu Li, Stephen A. Smith, Ting-Shuang Yi*. Genome duplications, genomic conflict, and rapid phenotypic evolution characterize the Cretaceous radiation of Fagales. bioRxiv, 2023, https://doi.org/10.1101/2023.06.11.544004.

2022年

Xiao-Jian Qu#, Xue-Jie Zhang#, Dong-Ling Cao, Xiu-Xiu Guo, Jeffrey P. Mower*, Shou-Jin Fan*. Plastid and mitochondrial phylogenomics reveal correlated substitution rate variation in Koenigia (Polygonoideae, Polygonaceae) and a reduced plastome for Koenigia delicatula including loss of all ndh genes. Molecular Phylogenetics and Evolution, 2022, https://doi.org/10.1016/j.ympev.2022.107544.

Dong-Ling Cao#, Xue-Jie Zhang#, Shao-Qiu Xie, Shou-Jin Fan*, Xiao-Jian Qu*. Application of chloroplast genome in the identification of Triditional Chinese Medicine Viola philippica. BMC Genomics, 2022, 23:540.

Dong-Ling Cao, Xue-Jie Zhang, Xiao-Jian Qu*, Shou-Jin Fan*. Plastid phylogenomics sheds light on divergence time and ecological adaptations of the tribe Persicarieae (Pologonaceae). Frontiers in Plant Science, 2022, 13:1046253.

Xiu-Xiu Guo#, Xiao-Jian Qu#, Xue-Jie Zhang*, Shou-Jin Fan*. Comparative and Phylogenetic Analysis of Complete Plastomes among Aristidoideae Species (Poaceae). Biology, 2022, 11, 63.

Rong Wang, Xue-Jie Zhang, Xiu-Xiu Guo, Yan Xing, Xiao-Jian Qu*, Shou-Jin Fan*. Plastid phylogenomics and morphological character evolution of Chloridoideae (Poaceae). Frontiers in Plant Science, 2022, 13:1002724.

2021年

Gregory W. Stull#, Xiao-Jian Qu#, Caroline Parins-Fukuchi, Ying-Ying Yang, Jun-Bo Yang, Zhi-Yun Yang, Yi Hu, Hong Ma, Pamela S. Soltis, Douglas E. Soltis, De-Zhu Li*, Stephen A. Smith*, Ting-Shuang Yi*. Gene duplications and phylogenomic conflict underlie major pulses of phenotypic evolution in gymnosperms. Nature Plants, 2021, 7, 1015–1025.

Rong Wang, Kuan Liu, Xue-Jie Zhang, Wen-Li Chen, Xiao-Jian Qu*, Shou-Jin Fan*. Comparative plastomes and phylogenetic analysis of Cleistogenes and closely related genera (Poaceae). Frontiers in Plant Science, 2021, 12:638597.

Ying-Ying Yang, Xiao-Jian Qu, Rong Zhang, Gregory W. Stull*, Ting-Shuang Yi*. Plastid phylogenomic analyses of Fagales reveal signatures of conflict and ancient chloroplast capture. Molecular Phylogenetics and Evolution, 2021, 163, 107232.

Xiao-Jian Qu*, Shou-Jin Fan*. First report of the parasitic invasive weed field dodder (Cuscuta campestris) parasitizing the confamilial invasive weed common morning-glory (Ipomoea purpurea) in Shandong, China. Plant Disease, 2021, 105:1230.

Kuan Liu, Rong Wang, Xiu-Xiu Guo, Xue-Jie Zhang, Xiao-Jian Qu*, Shou-Jin Fan*. Comparative and phylogenetic analysis of complete chloroplast genomes in Eragrostideae (Chloridoideae, Poaceae). Plants, 2021, 10(1):109.

Zhi-Fang Liu, Hui Ma, Xiu-Qin Ci, Lang Li, Yu Song, Bing Liu, His-Wen Li, Shu-Li Wang, Xiao-Jian Qu, Jian-Lin Hu, Xiao-Yan Zhang, John G. Conran, Alex D. Twyford*, Jun-Bo Yang*, Peter M. Hollingsworth*, Jie Li*. Can plastid genome sequencing be used for species identification in Lauraceae? Botanical Journal of the Linnean Society, 2021, 197, 1:1-14.

2020年

Xiao-Jian Qu*, Shou-Jin Fan*. First report of leaf wilt caused by Cuscuta japonica on generally insusceptible host plant Rhus typhina in China. Plant Disease, 2020, 104:11.

Xiao-Jian Qu, Li-Kang Liu, Luo-Yan Zhang, Xue-Jie Zhang, Shou-Jin Fan*. First report of dodder (Cuscuta japonica) parasitizing Japanese red pine (Pinus densiflora) in China. Plant Disease, 2020, 104:6.

2019年

Xiao-Jian Qu, Michael J. Moore, De-Zhu Li*, Ting-Shuang Yi*. PGA: a software package for rapid, accurate, and fexible batch annotation of plastomes. Plant Methods, 2019, 15:1.

Xiao-Jian Qu, Shou-Jin Fan, Susann Wicke*, Ting-Shuang Yi*. Plastome reduction in the only parasitic gymnosperm Parasitaxus is due to losses of photosynthesis but not housekeeping genes and apparently involves the secondary gain of a large inverted repeat. Genome Biology and Evolution, 2019, 11(10):2789-2796.

Luoyan Zhang, Xuejie Zhang, Mengfei Li, Ning Wang, Xiaojian Qu, Shoujin Fan*. Transcriptome analysis of elm (Ulmus pumila) fruit to identify phytonutrients associated genes and pathways. Forests, 2019, 10, 738.

2017年

Xiao-Jian Qu, Chung-Shien Wu, Shu-Miaw Chaw*, Ting-Shuang Yi*. Insights into the existence of isomeric plastomes in Cupressoideae (Cupressaceae). Genome Biology and Evolution, 2017, 9(4): 1110-1119.

Yin-Huan Wang, Xiao-Jian Qu, Si-Yun Chen, De-Zhu Li, Ting-Shuang Yi. Plastomes of Mimosoideae: structural and size variation, sequence divergence, and phylogenetic implication. Tree Genetics & Genomes, 2017, 13:41.

Xiao-Jian Qu, Jian-Jun Jin, Shu-Miaw Chaw, De-Zhu Li*, Ting-Shuang Yi*. Multiple measures could alleviate long-branch attraction in phylogenomic reconstruction of Cupressoideae (Cupressaceae). Scientific Reports, 2017, 7: 41005.

8、代表性著作

《英国上市公司365珍藏植物科学绘图》，副主编

《英国上市公司365校园植物图志》，编委

9、获奖情况

2024年，英国上市公司365本科优秀毕业论文指导教师，英国上市公司365

2023年，云南省自然科学奖一等奖，云南省人民政府

2023年，英国上市公司365硕士研究生国家奖学金指导教师，中华人民共和国教育部

2022年，CULSC全国大学生生命科学竞赛（科学探究类）三等奖指导教师，全国大学生生命科学竞赛委员会

2020年，英国上市公司365本科优秀毕业论文指导教师，英国上市公司365